За несколько столетий человечество пришло в упадок. Из-за снижения рождаемости огромные территории освободились от людей, и на них пришли феи — существа с высоким уровнем интеллекта, но всего десяти сантиметров в высоту. «Я — представитель ООН по контактам с феями. Я думала, что моя работа не будет тяжёлой и посетила одно из мест обитания фей, чтобы поприветствовать их, но...»

Наступает середина декабря, и глава бригады SOS Судзумия Харухи объявляет о том, что Рождество они проведут в комнате клуба за рождественским ужином. Все члены SOS начинают приготовления. Спустя пару дней по дороге в школу Кён начинает замечать странности: не вяжется разговор с Танигути, тот внезапно заболел и не помнит вчерашнего разговора. В классе нет Харухи, а Рёко Асакура ожила и сидит на её месте, разговаривая с Кёном как ни в чём не бывало. Микуру Асахина не узнает Кёна, а Нагато –

Сики Рёги встречает юношу по имени Томоэ Эндзё, который заявляет, что сбежал из дома после убийства собственной матери. Сики позволяет Томоэ укрыться у неё в квартире, и с этого дня начинается их странное сожительство. Но наступает день, когда Томоэ встречает свою мать, которую он считал ранее убитой. После этой встречи Томоэ вместе с Сики отправляются в его старую квартиру в Огава-Комплексе, чтобы узреть истинное положение дел. Тут Сики встречает могущественного мага по имени Сорэн Арая,