Юто — невзрачный шестнадцатилетний школьник. Его родители погибли, когда он был совсем ребёнком, поэтому о нём заботилась подруга детства, Ринко. В день его рождения загадочный амулет, оставленный родителями, перестаёт защищать мальчика. Вскоре после этого появляется Химари — дух девочки-кошки, воин, который должен защищать Юто... Одна проблема — у Юто аллергия на кошек!

Принцесса небольшой страны, Лионес Елистратова, приезжает учиться в специализированную школу под управлением полицейского подразделения «ALCA», где обучают логикалистов для поддержания мира во всём мире. Наша героиня зачисляется в класс S — в нём она повстречает много интересных личностей, с которыми ей предстоит проводить милые деньки.

Приключения наших непутевых школьников продолжаются. Хариме все так же нравится Тэмма, но каждый раз, когда он пытается признаться в своих чувствах, появляются всё новые препятствия. Ситуацию усложняют соперничество с 2-Д классом, а также слухи, распространяющиеся со скоростью света, об отношениях Харимы и Якумо, и грядущий культурный фестиваль.

Сюжет охватывает две временные ветки: одна рассказывает об инциденте в городке Нибельхайм с участием Зака, Клауда, Тифы и Сефирота; другая хронологически происходит после первой и рассказывает о побеге Зака и Клауда из научной лаборатории мегакорпорации «Shinra Inc.».