Казалось, что после победы над Тэндо Козуну все вернется на круги своя. Студенты с нетерпением ожидают начала новой жизни, в которой им больше не придется ходить на скучные занятия и сражаться с сошедшими с ума злодеями. Вот только никто не подозревал, что жителям Токио придется столкнуться с очередной угрозой. «Двенадцать небесных генералов боевого кулака» – загадочная организация, принимающая в свои ряды только самых талантливых и кровожадных наемников, готовых пойти ради исполнения поручений

Будущее, где история человечества вот-вот прервется, мир огромных руин, простирающихся до горизонта. Вся природа исчезла, остались лишь техногенные творения рук человеческих. Ура один из немногих, кто продолжает работать - он пытается восстановить старые архивы Земли. Однажды, юноша находит странную запись и по мере её восстановления понимает, что надежда для человечества ещё быть может существует.

Этот мир населён разными сверхъестественными существами. Тут вам и ангелы, и демоны, и даже кентавры. Главная героиня этой истории — кентавр по имени Химэно. Она очень добродушна и мила, за это её все любят и уважают. Кроме того, она самая прилежная ученица в школе. Но заниматься учёбой скучновато, поэтому вместе со своими лучшими подругами, Кёко и Нозоми, она веселится, живёт беззаботно и наполняет свою школьную жизнь новыми красками.

Замкнутый старшеклассник Годзё Вакана мечтает мастерить японских кукол. В нём до сих пор живы болезненные воспоминания из детства, когда друг Годзё высмеял его увлечение куклами. Однажды модная жизнерадостная и сексуальная красавица Марин Китагава застала Годзё за шитьем. С этого момента одинокий «кукольник» забыл о тишине и спокойствии, ведь Марин вихрем вовлекла его в мир своего тайного хобби — косплея.

Прошло много лет после событий первого фильма. «9-й Отдел» по-прежнему выполняет свою работу. Киборгизированный полицейский Бато с партнером Тогусой после таинственного исчезновения "Майора" Мотоко Кусанаги назначаются расследовать серию убийств, совершенных прототипами гиноидов, самоуничтожающимися после этого. Но перед самоуничтожением один из таких гиноидов попросил Бато о помощи...